Воздушная фильтрация почти всегда присутствует, чтобы обеспечить чистый воздух без пыли для жителей здания. Это может быть простой материал с низким содержанием MERV, HEPA, электростатический или комбинация методов. Также могут применяться газофазные и ультрафиолетовые обработки воздуха.

Фильтрация обычно помещается сначала в AHU, чтобы очистить все компоненты, расположенные ниже по потоку. В зависимости от требуемой степени фильтрации обычно фильтры будут располагаться в двух (или более) последовательных банках с фильтром для крупносортной панели, установленным перед мелкосортным мешочным фильтром или другой «финальной» фильтрующей средой. Фильтр панели или кассетные фильтры дешевле заменять и обслуживать, и, таким образом они, защищают более дорогие мешочные фильтры.

Срок службы фильтра может быть оценен путем контроля падения давления через фильтрующий материал при расчетном расходе воздуха. Это можно сделать с помощью визуального дисплея с помощью манометра или с помощью реле давления, связанного с точкой сигнализации в системе управления зданием. Неспособность заменить фильтр может в конечном итоге привести к его коллапсу, так как силы, воздействующие на него вентилятором, преодолевают его присущую прочность, что приводит к коллапсу и, следовательно, к загрязнению воздухоочистителя и нисходящего потока.